財政部表示，房地合一課徵所得稅的新制度將從105年1月1日起施行，個人在那以後交易的房屋、土地，如果是在103年1月2日以後取得、而且持有期間在二年以內，或者是在105年1月1日以後取得，就應依新制規定計算房屋、土地交易所得，課徵所得稅。為了保障現行自有房屋者的權益，依據財政部１０４年８月１９日台財稅字第１０４０４６２０８７０號令的內容，個人交易因繼承取得的房屋、土地，如果是在今年12月31日前就已經取得的，免適用新制，仍按現行課稅制度計算房屋部分的交易所得，併入綜合所得總額，於次年五月底前辦理結算申報。【年底前取得者適用舊制】
財政部說明，新制度原則以取得日及交易日在明年1月1日以後，才納入課稅範圍，但個人如果來不及出售就死亡，繼承人取得房地的時點及原因也就不是可以控制的，所以應該將被繼承人取得時點納入考量，納稅義務人在明年1月1日以後交易因繼承取得的房屋、土地，如果是在去年1月2日至今年12月31日間繼承取得，而且納稅義務人及被繼承人持有期間合計在兩年以內，或是交易的房屋、土地是被繼承人在今年12月31日以前取得，且納稅義務人在明年1月1日以後繼承取得等情形，就仍應依舊制計算房屋部分的財產交易所得併入綜合所得總額，辦理結算申報。
財政部指出，依照所得稅法第１４條之４第３項第１款第７目新制度規定，交易的自住房屋、土地，課稅所得限額四百萬元以內可免納所得稅，超過四百萬元部分則是按最低稅率百分之十課徵所得稅，為避免納稅義務人適用舊制反而造成稅負較重的不利影響，如果交易的房地符合同法第４條之５第１項第１款自住房屋、土地的條件，也可以選擇改按同法第１４條之４的新制課稅規定計算房屋、土地交易所得，並依同法第１４條之５規定，在完成所有權移轉登記日的次日起算三十日內辦理申報納稅。【年底前取得符合自用者可改適用新制】
沒有在期限內辦理的話，最慢可以在交易日次年五月底前逾期自動補報及補繳稅款，免按舊制規定辦理結算申報。此外，納稅義務人已依新制規定申報房屋、土地交易所得，如果日後考量新、舊制稅負差異，認為採舊制較為有利的話，也可以在交易日次年五月底前註銷原新制申報案件，改按舊制規定計算房屋部分財產交易所得併入綜合所得總額，辦理結算申報。

【104/08/19/台財稅字第 10404620870 號】

一、 納稅義務人105年1月1日以後交易因繼承取得之房屋、土地，符合下列情形之一者，非屬所得稅法第4 條之4第1項各款適用範圍，應依同法第14條第7 類規定計算房屋部分之財產交易所得併入綜合所得總額，於同法第71條規定期限內辦理結算申報：
（一）交易之房屋、土地係納稅義務人於103年1月1日之次日至104年12月 31日間繼承取得，且納稅義務人及被繼承人持有期間合計在 2年以內。
（二）交易之房屋、土地係被繼承人於 104 年12月31日以前取得，且納稅義務人於 105年1月1日以後繼承取得。
二、 前點交易之房屋、土地符合所得稅法第4 條之5第1項第1款規定之自住房屋、土地者，納稅義務人得選擇依同法第14條之4規定計算房屋、土地交易所得，並依同法第14條之5規定於房屋、土地完成所有權移轉登記日之次日起算30 日內申報房屋、土地交易所得，繳納所得稅。
三、 納稅義務人未依前點規定期間內申報，但於房屋、土地交易日之次年綜合所得稅結算申報期限前依所得稅法第14條之4規定計算房屋、土地交易所得，並自動補報及補繳稅款，稽徵機關應予受理，惟應認屬逾期申報案件，依同法第 108 條之2第1 項有關未依限申報規定處罰；該補繳之稅款，得適用稅捐稽徵法第48條之1規定，免依所得稅法第108條之2第2項規定處罰及加徵滯納金。惟應依各年度1月1日郵政儲金1年期定期儲金固定利率，按日加計利息，一併徵收。
四、 納稅義務人已依第二點規定選擇按所得稅法第14條之4及第14條之5規定計算及申報房屋、土地交易所得，於房屋、土地交易日之次年綜合所得稅結算申報期限前，得向稽徵機關申請註銷申報，並依同法第14條第1項第7類規定計算房屋部分之財產交易所得，併入綜合所得總額，於同法第71條規定期限內辦理結算申報。

財政部北區國稅局表示，營利事業繳納之土地增值稅，若係出售新制房地，依所得稅法第２４條之５第２項但書規定，不得列為成本費用，亦不得於收入項下減除；惟出售非屬新制房地者，依營利事業所得稅查核準則第９０條第７款規定，應在出售土地之收入項下減除。
北區國稅局指出，營利事業自民國105年1月1日起，出售同年1月1日以後取得之房屋、土地或103年1月2日以後取得並持有二年以內房屋、土地，應依所得稅法第２４條之５第１項前段規定，按出售房屋、土地交易所得額，減除土地漲價總數額後之餘額，計入營利事業所得額申報課稅。
北區國稅局指出，依據所得稅法第２４條之５第２項本文規定，房地交易所得額係指收入減除相關成本、費用或損失後之餘額，因該房地交易所得額已減除土地漲價總數額，惟避免重複減除，已繳納之土地增值稅，不得列為成本費用。